主持或参加科研项目及人才计划项目情况
(1) 国家重点研发计划（农业生物重要性状形成与环境适应性基础研究），经济作物重要性状平行驯化与改良演化规律，2021YFF1000100，2021/12-2026/11，188万元（个人可支配），主持子任务。 (2) 国家重点研发计划（政府间国际科技创新合作重点专项），利用基因组学途径提高油菜含油量的合作研究，2017YFE0104800，2018/01-2020/12，100万元（个人可支配），主持子课题。 (3) 国家重点基础研究发展计划（973计划），2015CB250100，油菜高产油量形成的分子生物学机制--高含油量油菜种胚油脂优势积累的代谢特点和分子基础（子课题4），2015/01-2019/12，208万元（个人可支配），主持子任务。 (4) 国家自然科学基金面上项目，32070559，油菜含油量主效位点BnPMT6的生物学功能与作用机理研究，2021/01-2024/12，直接经费58万元，主持 (5) 国家自然科学基金青年科学基金项目，31301005，基于SNP芯片和重测序技术鉴定油菜中新的高油酸位点及其候选基因，2014/01-2016/12，25万元，主持 (6) 中国博士后科学基金会特别资助项目，2014T70710，结合连锁和关联分析解析油菜高酸性状的遗传基础，2014/06-2015/06，15万元，主持。 (7) 中国博士后科学基金会面上项目，2013M542033，基于SNP芯片和重测序技术鉴定油菜中新的高油酸位点，2013/09-2014/09，5万元，主持。
代表性论文（*通讯作者，#并列第一作者）
(1) Yang Zhiquan#; Liang Congyuan#; Wei Lulu#; Wang Shengbo; Yin Feifan; Liu Dongxu; Guo Liang; Zhou Yongming; Yang Qingyong*. BnVIR: bridging the genotype-phenotype gap to accelerate mining of candidate variations for traits in Brassica napus. Molecular Plant, 2022, https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674205222000508.（通讯作者；1区，2020 IF=13.164， 5-year IF = 16.357） (2) Song Jiaming#; Guan Zhilin#; Hu Jianlin#; Guo Chaocheng; Yang Zhiquan; WangShuo; Liu Dongxu; Wang Bo; Lu Shaoping; Zhou Run; Xie Wenzhao; Cheng Yuanfang; Zhang Yuting; Liu Kede*; Yang Qingyong*; Chen Lingling*; Guo Liang*. Eight high quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nature Plants, 2020, 6(1): 34~45.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=15.793，5-year IF= 17.349，ESI高被引） (3) Wang Maojun#; Wang Pengcheng; Lin Min*; Ye Zhengxiu; Li Guoliang; Tu Lili; Shen Chao; Li Jianying; Yang Qingyong*; Zhang Xianlong*. Evolutionary dynamics of 3D genome architecture following polyploidization in cotton. Nature Plants, 2018, 4(2): 90~97.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=15.793，5-year IF= 17.349，ESI高被引） (4) Hu Yue#; Xiong Jie#; Shalby Nesma; Zhuo Chenjian; Jia Yupeng; Yang Qingyong*; Tu Jinxing*. Comparison of dynamic 3D chromatin architecture uncovers heterosis for leaf size in Brassica napus, Journal of Advanced Research. 2022,https://doi.or.org/10.1016/j.jare.2022.01.001（共同通讯作者; 1区，2020 IF=10.48） (5) He Yizhou#; Yang Zhiquan#; Tang Minqiang; Yang Qingyong *; Zhang Yuanyuan*; Liu Shengyi. Enhancing canola breeding by editing a glucosinolate transporter gene lacking natural variation. Plant physiology, 2022, kiac021.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=8.34） (6) Tang Shan; Liu DongXu; Lu Shaoping; Yu Liangqian; Li Yuqing; Lin Shengli; Li Long; Du Zhuolin; Liu Xiao; Xiao Li; Ma Wei; Yang Qingyong*; Guo Liang*. Development and screening of EMS mutants with altered seed oil content or fatty acid composition in Brassica napus. Plant J. 2020, 104(5):1410~1422.（共同通讯作者; 1区，2020 IF = 6.417， 5-year IF = 7.627） (7) Song Jiaming#; Liu Dongxu #; Xie Wenzhao; Yang Zhiquan; Guo Liang; Liu kede ; Yang Qingyong*; Chen Ling-Ling*. BnPIR: Brassica napus Pan-genome Information Resource for 1,689 accessions. Plant Biotechnol J. 2021, 19: 412~414.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=9.803，5-year IF = 9.555） (8) Liu Dongxu #; Yu Liangqian #; Wei Lulu #; Yu Pugang; Wang Jing; Hu Zhao; Zhang Yuting; Zhang Shuntai; Yang Zhiquan; Chen Guanqun; Yao Xuan; Yang Yanjun; Zhou Yongming; Wang Xuemin; Lu Shaoping*; Dai Cheng*; Yang Qingyong* ; GuoLiang*. BnTIR:an online transcriptome platform for exploring RNA-seq libraries for oil crop Brassica napus. Plant Biotechnol J. 2021, 19: 1895–1897.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=9.803， 5-year IF = 9.555） (9) Gao Yingjie#; Yang Zhiquan#; Yang Wenqian#; Yang Yanbo; Gong Jing*; Yang Qingyong*; Niu Xiaohui*. Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation. Nucleic Acids Res. 2021a, 49: D1480~D1488.（共同通讯作者; 1区，2020 IF=16.971，5-year IF = 15.542） (10) Liu Dongxu#; Rajaby Ramesh#; Wei Lulu; Zhang Lei; Yang Zhiquan; Yang Qingyong*, Sung WingKin*. Calling large indels in 1047 Arabidopsis with IndelEnsembler. Nucleic Acids Res. 2021b, 49: 10879–10894.（共同通讯作者；1区， 2020 IF=16.971，5-year IF = 15.542） (11) Tao Jingfen#; Zhou Jinzhi; Xie Ting; Wang Xiaotao; Yang Qingyong*; Zhang Hongyu. Influence of chromatin 3D organization on structural variations of the Arabidopsis thaliana genome. Molecular Plant, 2017, 10(2): 340~344.（通讯作者; 1区，2020 IF=13.164，5-yearIF = 16.357） (12) Xie Ting#; Yang Qingyong#; Wang Xiaotao; McLysaght Aoife*; Zhang Hongyu*. Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage balance. Molecular Biology and Evolution. 2016, 33(9): 2368~2375.（并列第一作者；1区，2020 IF=16.24，5-year IF = 18.670） (13) Xie Ting#; Zheng Juefei#; Liu Sheng; Peng Cheng; Zhou Yongming; Yang Qingyong*; Zhang Hongyu. De novo plant genome assembly based on chromatin interactions: A case study of Arabidopsis thaliana. Molecular Plant. 2015, 8(3): 489~492.（通讯作者；1区，2020 IF=13.164，5-year IF = 16.357）
发明专利授权情况
(1) 张红雨，杨庆勇，全源，罗志辉，朱丽达，多靶标药物和/或药物组合的筛选方法，中国, CN201510288863.8，授权时间：2017-09-15（已转化） (2) 周永明；刘晟；范楚川；杨庆勇；一种与甘蓝型油菜含油量QTL紧密连锁的分子标记，中国，CN201610013828，国外精品成品人入口xz，授权时间：2018-04-18 (3) 张红雨; 全源; 王晖; 朱丽达; 许璇; 杨庆勇; 黄清，一种基于热扩散网络的药物发现方法及其应用，中国，CN201710917312.2，国外精品成品人入口xz，授权时间：2019-09-06 (4) 张红雨，朱丽达，罗志辉，全源，朱强，杨庆勇，一种基于机器学习的药物活性预测方法，中国, CN201610067573.5，授权时间：2017-04-12（已转化）
学术兼职
(1) 担任国家自然科学基金通讯评审专家、国家重点研发计划会议评审专家等学术兼职。
(2) 担任SCI杂志《Frontiers in Plant Science》Associate Editor，以及《Plant Biotechnology Journal》、《BMC Biology》、《GCB Bioenergy》、《Scientific Reports》、《Heredity》、《BMC Genomics》、《Crop Science》、《Plant Physiology and Biochemistry》等多个SCI杂志和《作物学报》、《计算机学报》、《生物信息学》和《中国油料作物学报》等多个中文核心期刊的审稿人。
|
